本發(fā)明公開了一種藥物靶點預(yù)測方法，S₁：建立數(shù)據(jù)庫，并將藥物靶點與其對應(yīng)的配體的數(shù)據(jù)存儲在數(shù)據(jù)庫中；S₂：根據(jù)分子力場對步驟S₁中配體的分子結(jié)構(gòu)生成三維構(gòu)象；S₃：編輯待預(yù)測分子的化學結(jié)構(gòu)；S₄：根據(jù)與步驟S₂對應(yīng)的分子力場對步驟S₃待預(yù)測分子生成三維構(gòu)象；S₅：將待預(yù)測分子的三維構(gòu)象與數(shù)據(jù)庫中的配體的分子結(jié)構(gòu)的三維構(gòu)象進行分析；S₆：根據(jù)分析結(jié)果計算匹配度。利用分子力場生成的三維構(gòu)象，對待預(yù)測分子的化學結(jié)構(gòu)以及數(shù)據(jù)庫中的配體分子的化學結(jié)構(gòu)進行多方面結(jié)合后再進行比對，從而進行靶點藥物進行對應(yīng)，三維構(gòu)象參數(shù)對待預(yù)測分子和配體分子進行精準表征，所得預(yù)測結(jié)果準確性高。