本發(fā)明涉及一種基于化學(xué)標(biāo)記和質(zhì)譜技術(shù)研究蛋白和材料相互作用的結(jié)構(gòu)分析新方法。其特征為首先對蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)?材料復(fù)合物分別進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記，隨后進(jìn)行蛋白質(zhì)的變性、酶解、色譜?質(zhì)譜聯(lián)用分析和數(shù)據(jù)庫檢索，對比材料加入前后蛋白質(zhì)上特定氨基酸位點(diǎn)的化學(xué)標(biāo)記效率變化情況，標(biāo)記效率明顯下降區(qū)域即為蛋白質(zhì)?材料相互作用區(qū)域，標(biāo)記效率明顯上升區(qū)域即為結(jié)合材料后蛋白質(zhì)構(gòu)象變化區(qū)域。該蛋白質(zhì)?材料相互作用分析方法具有快速簡單、穩(wěn)定高效，靈敏度高、可高通量動(dòng)態(tài)分析、在標(biāo)記過程中蛋白質(zhì)依然保持生理結(jié)構(gòu)和活性、分析結(jié)果不受蛋白質(zhì)分子量大小、純度等條件限制等優(yōu)勢。