本發(fā)明公開一種基于三維地質(zhì)建模的航磁異常場分離方法及系統(tǒng)，所述航磁異常場分離方法首先建立三維磁性地質(zhì)體模型，然后將三維磁性地質(zhì)體模型劃分為多個(gè)塊體結(jié)構(gòu)，計(jì)算各所述塊體結(jié)構(gòu)在勘測點(diǎn)的磁場值并求和，得到勘測點(diǎn)的磁場計(jì)算值；當(dāng)磁場計(jì)算值與磁場實(shí)測值的差的絕對(duì)值大于第一預(yù)設(shè)值時(shí)，重新構(gòu)建三維磁性地質(zhì)體模型，直到磁場計(jì)算值與磁場實(shí)測值的差的絕對(duì)值小于等于所述第一預(yù)設(shè)值時(shí)，輸出各所述塊體結(jié)構(gòu)的分類標(biāo)識(shí)和磁場強(qiáng)度。本發(fā)明更多地依據(jù)定性分析獲得的推斷巖性構(gòu)造圖進(jìn)行磁場正演計(jì)算，并通過航磁場正演結(jié)果與實(shí)測結(jié)果對(duì)比，在模型修正過程中不斷加入新的地質(zhì)約束條件，使建模結(jié)果更可靠，提高了航磁異常場分離的精度。