本發(fā)明公開(kāi)一種檢測(cè)廢水系統(tǒng)中氨氧化菌群落結(jié)構(gòu)和豐度的方法，具體步驟包括：（A）提取廢水系統(tǒng)活性污泥中微生物的全部基因組DNA；（B）以全部基因組DNA為模板，以序列號(hào)為SEQIDNo.1的amoA1F和序列號(hào)為SEQIDNo.2的amoA2R為引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增；（C）以羅氏454焦磷酸測(cè)序法對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，對(duì)測(cè)序結(jié)果運(yùn)用Mothur程序劃分操作分類(lèi)單元，選擇操作分類(lèi)單元中具有99%相似度的代表性序列與數(shù)據(jù)庫(kù)GenBank中公開(kāi)序列進(jìn)行在線BLASTn比對(duì)，根據(jù)比對(duì)結(jié)果劃分系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，得到氨氧化菌的群落結(jié)構(gòu)分布和豐度；本發(fā)明操作簡(jiǎn)單、成本低廉、檢測(cè)迅速、序列分析準(zhǔn)確度高，能夠定性分析氨氧化菌的不同群落結(jié)構(gòu)組成，定量分析氨氧化菌不同種屬的豐度，并且可同時(shí)對(duì)多個(gè)樣品分析，具有較強(qiáng)的實(shí)用性，易于推廣應(yīng)用。