本發(fā)明公開了一種巖溶地質(zhì)河道結(jié)構(gòu)及其施工方法，包括：河道底部結(jié)構(gòu)系統(tǒng)，水下植生護(hù)坡系統(tǒng)；河道底部結(jié)構(gòu)系統(tǒng)包括設(shè)置在河道基礎(chǔ)底部的硬質(zhì)封底層、從下至上依次設(shè)置在硬質(zhì)封底層上的找平層、防滲雙層膜、粘土柔性墊層護(hù)底層；水下植生護(hù)坡系統(tǒng)包括設(shè)置在河道底部兩邊防滲雙層膜上的護(hù)堤、從下至上依次設(shè)置在水下護(hù)岸區(qū)域的硬質(zhì)封底層、護(hù)岸區(qū)防滲膜、柔性墊層、護(hù)坡、景觀卵石層；護(hù)底層包括柔性護(hù)底層、剛性護(hù)底層；柔性護(hù)底層采用碎石、鵝卵石、小粒徑石頭中的一種或幾種混合進(jìn)行鋪筑形成；剛性護(hù)底層采用素混凝土鋪筑形成；所述防滲雙層膜包括設(shè)置在找平層上的下層土工膜、設(shè)置在下層土工膜上的上層功能性防滲膜。本發(fā)明河道結(jié)構(gòu)針對巖溶強(qiáng)裂隙發(fā)育地區(qū)，即能防止河水下滲流失，也能隔離承壓水力對河道結(jié)構(gòu)的破壞，以使河道的水土保持良好。