本發(fā)明公開了一種顯微拉曼光譜儀，包括激發(fā)光光源，激發(fā)光光源下端連接有光纖探頭，光纖探頭通過控制左右運(yùn)動(dòng)微操系統(tǒng)連接微操系統(tǒng)，微操系統(tǒng)上設(shè)置有控制上下運(yùn)動(dòng)微操系統(tǒng)，光纖探頭伸入光屏蔽外殼內(nèi)，光屏蔽外殼內(nèi)設(shè)置有用于放置細(xì)胞質(zhì)的培養(yǎng)皿，培養(yǎng)皿下方為倒置成像器，倒置成像器的下方連接拉曼光譜儀。樣倒置成像器上還連接有移動(dòng)控制系統(tǒng)。通過收集微區(qū)如單個(gè)細(xì)胞水平的拉曼光譜來檢測(cè)微區(qū)，如單個(gè)細(xì)胞里面的物質(zhì)成份，可無損獲得整個(gè)單細(xì)胞的化學(xué)物質(zhì)指紋圖譜，從而迅速識(shí)別活體單細(xì)胞的種系發(fā)生、生理特性和代謝產(chǎn)物變化等，因此對(duì)于難培養(yǎng)微生物的功能鑒定和資源開發(fā)具有重要意義。