本發(fā)明屬于水稻基因工程技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種水稻染色質(zhì)變構(gòu)因子基因CHR729在控制水稻發(fā)育中的應用。其特征在于，所述的染色質(zhì)變構(gòu)因子CHR729的編碼序列如序列表SEQ？ID？NO：1所示，共6780個bp，編碼2259個氨基酸。通過RNAi技術(shù)下降表達這個基因會產(chǎn)生很多嚴重的表型，包括植株變矮，葉片(營養(yǎng)葉和劍葉)變窄，抽穗期推遲及種子變窄等。通過石蠟切片技術(shù)發(fā)現(xiàn)葉片的細胞數(shù)目減少。DNA損傷的化學試劑MMS處理中花11以后檢測CHR729基因表達量下降，說明它可能參與DNA損傷的信號傳導。6-BA處理野生型及RNAi材料，OsRR7誘導表達在RNAi材料中變慢，說明CHR729可能參與細胞分裂素應答的調(diào)控。通過體外結(jié)合實驗我們還發(fā)現(xiàn)CHR729能夠通過它的PHD結(jié)構(gòu)域在體外與三甲基化H3K27結(jié)合。