本發(fā)明公開了藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域中基于空間結(jié)構(gòu)的同質(zhì)相互作用預(yù)測方法，用于預(yù)測藥物?藥物相互作用和化合物?化合物相互作用，包括：S1、利用基于多樣性特征的雙通道建模網(wǎng)絡(luò)從輸入的化合物或藥物的分子表達(dá)式和結(jié)構(gòu)出發(fā)，獲取原子級別和子圖級別的特征信息以進(jìn)行特征增強；其中，原子級別的特征信息包括原子特征、鍵角特征和鍵長特征，子圖級別的特征信息包括原子和化學(xué)鍵構(gòu)成的子圖特征、化學(xué)鍵和鍵角構(gòu)成的子圖特征以及官能團子圖特征；S2、從大規(guī)模無標(biāo)簽的數(shù)據(jù)集中學(xué)習(xí)化合物或藥物的特征信息；S3、設(shè)計對應(yīng)的三個自監(jiān)督學(xué)習(xí)任務(wù)進(jìn)行加強，所述三個自監(jiān)督學(xué)習(xí)任務(wù)具體是預(yù)測鍵角、預(yù)測鍵長和預(yù)測原子間距離，從而增加分類結(jié)果的準(zhǔn)確性、可靠性。