本發(fā)明提供一種不依賴保留時間的化學(xué)物質(zhì)注釋方法。該方法包括：獲取基于離子源內(nèi)高能裂解現(xiàn)象采集的目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)的源內(nèi)碎片離子質(zhì)譜數(shù)據(jù)建立目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)離子數(shù)據(jù)庫，并采集樣品化學(xué)物質(zhì)的二級離子質(zhì)譜數(shù)據(jù)。分別在所述樣品化學(xué)物質(zhì)的二級離子質(zhì)譜數(shù)據(jù)中提取具體目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)的母離子的色譜數(shù)據(jù)。對提取的色譜數(shù)據(jù)進行峰檢測以確定若干潛在物質(zhì)色譜峰及對應(yīng)的出峰時段?；谠摌悠坊瘜W(xué)物質(zhì)的碎片離子質(zhì)譜數(shù)據(jù)中該具體潛在物質(zhì)色譜峰對應(yīng)的母離子和目標(biāo)碎片離子在對應(yīng)出峰時段內(nèi)的豐度相關(guān)度，確定所述具體目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)存在的可信度。所述目標(biāo)碎片離子為目標(biāo)化學(xué)物質(zhì)離子數(shù)據(jù)庫中所述具體潛在物質(zhì)色譜峰對應(yīng)的母離子關(guān)聯(lián)的所有碎片離子。