本發(fā)明提供了一種定量構(gòu)效關(guān)系輔助匹配分子對(duì)分析方法，包括：對(duì)分子的結(jié)構(gòu)進(jìn)行清洗、除鹽、去復(fù)合物，收集實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，并對(duì)所述實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理；計(jì)算分子描述符，根據(jù)所述分子描述符建立定量構(gòu)效關(guān)系模型；根據(jù)所述定量構(gòu)效關(guān)系模型預(yù)測(cè)現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫，擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)；選出預(yù)測(cè)準(zhǔn)確的分子，將標(biāo)準(zhǔn)偏差作為到定量構(gòu)效關(guān)系模型的距離，從而評(píng)估模型的定量構(gòu)效關(guān)系應(yīng)用域；將挑選出來預(yù)測(cè)準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)和收集的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)混合進(jìn)行匹配分子對(duì)分子。本發(fā)明解決了匹配分子對(duì)分析在小數(shù)據(jù)上應(yīng)用得到限制的問題，挖掘出了一些還未被探索的新的化學(xué)規(guī)則，有更多的知識(shí)指導(dǎo)先導(dǎo)化合物的優(yōu)化，加速了藥物設(shè)計(jì)周期。