本實用新型公開了一種燃料電池系統和新能源汽車，燃料電池系統包括燃料電池本體、第一箱體和第二箱體，燃料電池本體的一部分設置于第一箱體，另一部分設置于第二箱體。本申請將燃料電池本體分成兩部分，分別集成在第一箱體和第二箱體中，燃料電池系統的零部件統一在供貨時已經裝配在兩個箱體內部，與整車裝配時僅需要將兩個箱體安裝在車上即可，無需單獨安裝每個零部件，安裝點較少，能給整車線上裝配節(jié)約大量的時間，提高了整車的裝配效率。此外，本實用新型的第一箱體和第二箱體可實現燃料電池本體零部件的高度集成化，提高空間利用率。