本發(fā)明涉及一種納米復合材料結合質譜鑒定磷酸化肽段的方法，將納米復合材料配置成為分散液，溶劑為超純水，將該分散液與磷酸化肽段溶液加入50%乙腈/0.1%三氟乙酸緩沖液中混合，在酶解儀中孵育；通過離心分離納米復合材料，結合MALDI-TOF?MS質譜分析。該納米復合材料為石墨烯表面包覆聚多巴胺和二氧化鈦微球以及介孔二氧化硅的納米復合材料。本方法操作簡單，成本低廉，靈敏迅速，被富集肽段信噪比放大倍數高，具有較好的選擇性和高靈敏度，十分適用于復雜生物樣品中的內源性磷酸化肽的檢測。