本發(fā)明提供可以處理原始生物樣品、進行生物化學反應并且提供分析讀出的系統(tǒng)。例如，系統(tǒng)可以從拭子提取DNA，擴增來自DNA的STR基因座，并且分析被擴增的基因座和樣品中的STR標志物。系統(tǒng)通過使用微流體部件連接可以是宏觀流體功能的功能以整合這些功能。在一個實施方案中，系統(tǒng)包括樣品提純模塊、反應模塊、反應后清除模塊、毛細管電泳模塊和計算機。在某些實施方案中，系統(tǒng)包括用于進行分析物捕獲的一次性暗盒。暗盒可以包括流體歧管，流體歧管具有宏觀流體室，宏觀流體室與將液體在室之間引導的微流體芯片相匹配。系統(tǒng)裝配在不大于10ft3的包圍物內(nèi)，并且可以是封閉系統(tǒng)、便攜式系統(tǒng)和/或電池操作的系統(tǒng)。系統(tǒng)可以被用于使原始樣品在少于4小時內(nèi)進行分析。