本實用新型提供了一種無人機用燃料電池控制系統(tǒng)，其中，無人機將燃料電池和鋰電池的混合動力作為輸出，鋰電池作為輔助電池；燃料電池控制系統(tǒng)中包括：主控制單元，內(nèi)部集成有微控制器電路、燃料電池性能恢復(fù)電路、燃料電池隔離電路、鋰電池隔離電路及輸出電路，其中，微控制器電路分別與燃料電池性能恢復(fù)電路、燃料電池隔離電路、鋰電池隔離電路及輸出電路連接，燃料電池性能恢復(fù)電路和燃料電池隔離電路與燃料電池連接，輸出模塊與無人機電機連接，鋰電池隔離電路與鋰電池連接。有效解決現(xiàn)有無人機燃料電池控制系統(tǒng)結(jié)構(gòu)復(fù)雜、效率低等技術(shù)問題。