本發(fā)明公開一種加工石墨復合基材雙極板流道的激光加工系統(tǒng)，系統(tǒng)中控制器發(fā)送表征待加工流道內(nèi)具有三維形貌結(jié)構的待加工流道形貌尺寸特征至皮秒激光器，發(fā)送包括至少一組掃描信息的待加工信息至振鏡，皮秒激光器根據(jù)待加工流道形貌尺寸特征射出激光經(jīng)擴束器至振鏡；針對每組掃描信息，振鏡根據(jù)掃描路徑信息控制接收到的激光通過聚焦場鏡形成的聚焦光斑對石墨復合材料基材進行掃描得到初始流道，根據(jù)三維形貌掃描信息對初始流道進行掃描得到具有三維形貌結(jié)構的流道，當各組掃描信息均掃描完成后得到掃描后流道，當掃描后流道的形貌尺寸特征與待加工流道形貌尺寸特征之間的差異在誤差范圍內(nèi)時，將掃描后流道作為最終流道。由此提升燃料電池性能。