公開了一種地層相對地質年代自動排序方法及系統(tǒng)。該方法及系統(tǒng)可以包括：對三維地震樣點按照設定順序依次檢測；按照設定順序檢測到的第一個極值點的相對地質年代標號為0，并將與所述第一個極值點在同一層位上的極值點的相對地質年代標號為0；按照設定順序繼續(xù)檢測下一個極值點p，并將極值點在p所在同一地震道上方檢測到的極值點表示為p1、下方檢測到的極值點表示為p2，根據極值點p1、p2的相對地質年代標號對極值點p進行標號；遍歷所有三維地震數據樣點得到全部三維地震數據樣點的相對地質年代標號。本發(fā)明通過遍歷每行逐個層位樣點進行排序，直到所有的層位樣點數據都被賦予相對地質年代順序。