本發(fā)明提供了一種磁性磷光微囊藻毒素印跡材料的合成方法，包括：(1)在磁性納米顆粒的水溶液中加入交聯(lián)劑，機械攪拌，加入Mn摻雜ZnS磷光量子點，攪拌，將磁性納米顆粒和Mn摻雜ZnS磷光量子點交聯(lián)得到納米復合材料；磁分離；(2)將納米復合材料和藻毒素溶于水中，超聲，加入聚乙烯亞胺和交聯(lián)劑，攪拌，納米復合材料中的磁性納米顆粒表面形成第一層藻毒素印跡材料，磁分離提純；將第一層藻毒素印跡材料重復N次以上步驟(2)，形成多層藻毒素印跡材料。(3)將多層藻毒素印跡材料回流提取模板分子藻毒素，干燥，得到藻毒素分子印跡納米復合材料。本發(fā)明材料對目標物藻毒素具有磁性分離富集功能、磷光檢測功能以及催化清除功能。