本發(fā)明提供了在復(fù)合體混合物中分離和鑒定參與蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的蛋白質(zhì)的方法。該方法使用化學(xué)反應(yīng)性支持基質(zhì)來(lái)分離蛋白質(zhì),蛋白質(zhì)隨后非共價(jià)結(jié)合其它蛋白質(zhì)。分離支持基質(zhì),隨后將非共價(jià)結(jié)合的蛋白質(zhì)釋放用于分析。由于在結(jié)合和釋放步驟中都可通過(guò)化學(xué)操作影響蛋白質(zhì),鑒定非共價(jià)結(jié)合蛋白產(chǎn)生關(guān)于特定相互作用蛋白質(zhì)種類的信息,如鈣依賴或底物依賴性蛋白質(zhì)相互作用。這允許在特定相互作用標(biāo)準(zhǔn)基礎(chǔ)上從復(fù)合體混合物中選擇蛋白質(zhì)亞群。此方法優(yōu)勢(shì)是能同時(shí)篩選完整蛋白質(zhì)組,不像雙雜交系統(tǒng)或噬菌體展示方法,它們每次僅能檢測(cè)結(jié)合單一釣餌蛋白。該方法可應(yīng)用于研究活組織切片和尸體解剖樣本中的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用,研究信號(hào)分子、藥物試劑或毒素存在時(shí)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用,用于比較患病和正常組織或癌和未轉(zhuǎn)化細(xì)胞。