本發(fā)明屬于生物化學(xué)分析技術(shù)領(lǐng)域，公開了一種預(yù)測(cè)胃腸間質(zhì)瘤耐藥性的試劑盒及其應(yīng)用，包括PCR反應(yīng)組件、PCR產(chǎn)物純化組件、PCR測(cè)序組件封板覆膜、產(chǎn)品說明書；所述預(yù)測(cè)胃腸間質(zhì)瘤耐藥性的試劑盒的應(yīng)用方法包括：對(duì)服用藥物的胃腸間質(zhì)瘤患者進(jìn)行靜脈血抽??；用酚氯仿法抽提基因組DNA提??；設(shè)定PCR擴(kuò)增、純化、測(cè)序的反應(yīng)體系和反應(yīng)條件，反應(yīng)結(jié)束后進(jìn)行PCR測(cè)序；分析服用藥物的胃腸間質(zhì)瘤患者胃腸間質(zhì)瘤游離腫瘤細(xì)胞情況，得到該藥物對(duì)胃腸間質(zhì)瘤的影響與否的結(jié)論。本發(fā)明提供的試劑盒設(shè)計(jì)合理，能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)胃腸間質(zhì)瘤游離腫瘤細(xì)胞的精確獲取，由此得到胃腸間質(zhì)瘤耐藥性與否的結(jié)論，使用方便且成本低。