本發(fā)明公開了一種單細(xì)胞5?hmC的檢測方法，屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，通過微流控芯片法獲取包裹單細(xì)胞的瓊脂糖凝膠微球，對包裹單細(xì)胞的瓊脂糖凝膠微球去乳化處理后，在瓊脂糖凝膠微球中將細(xì)胞裂解，再利用點(diǎn)擊化學(xué)反應(yīng)原理，將Cy5熒光基團(tuán)連接到基因組DNA上，實(shí)現(xiàn)基因組DNA上5?hmC的化學(xué)標(biāo)記。本發(fā)明利用點(diǎn)擊化學(xué)反應(yīng)原理實(shí)現(xiàn)5?hmC的檢測和分析，克服了難以進(jìn)行大量樣品檢測、無法進(jìn)行單個(gè)細(xì)胞內(nèi)5?hmC檢測、化學(xué)反應(yīng)條件苛刻、反應(yīng)效率低等缺點(diǎn)。