本發(fā)明提供了一種進(jìn)行離散子結(jié)構(gòu)分析的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的操作方法及相應(yīng)的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。首先,接入分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。數(shù)據(jù)庫(kù)可以分子結(jié)構(gòu)信息與生物和/或化學(xué)性質(zhì)檢索。在所述數(shù)據(jù)庫(kù)中,識(shí)別具有給定生物和/或化學(xué)性質(zhì)的分子集。然后確定所述子集內(nèi)的每一個(gè)分子片段,計(jì)算每個(gè)片段的分值,該分值表示各片段對(duì)所述給定生物和/或化學(xué)性質(zhì)的貢獻(xiàn)。最后,通過分析已確定的片段和計(jì)算的分值來進(jìn)行迭代過程,其中,首先選擇至少一段其分值表示對(duì)所述生物和/或化學(xué)性質(zhì)的貢獻(xiàn)較大的片段,然后,重復(fù)評(píng)估、識(shí)別、確定和計(jì)算步驟。片段可以是分子的任何一個(gè)結(jié)構(gòu)亞單位(subunit)。生物和/或化學(xué)性質(zhì)包括生物化學(xué)、藥理、毒理、殺蟲、除草、催化性質(zhì)。本發(fā)明最好用于DNA向后排序或藥物發(fā)現(xiàn)。優(yōu)選實(shí)施例包括在每次迭代中使片段尺寸增大的迭代過程、基因型(generiy)子結(jié)構(gòu)的使用、以及使片段粘合在一起的退火過程。