本發(fā)明公開了一種水下航行器燃料電池混合推進系統(tǒng)及控制方法，該系統(tǒng)包括質(zhì)子交換膜燃料電池、主DC?DC升壓變換器、輔助DC?DC升壓變換器、鋰電池組、水下推進電機及其逆變器；兩個DC?DC升壓變換器同向并聯(lián)組成雙DC?DC升壓變換系統(tǒng)接入PEMFC和鋰電池組之間，鋰電池組輸出端直接與水下推進電機的逆變器相連。雙DC?DC升壓變換系統(tǒng)根據(jù)PEMFC的工作狀態(tài)進行協(xié)同控制，并采用鋰電池組荷電狀態(tài)滯環(huán)控制實現(xiàn)PEMFC的工作狀態(tài)切換；本發(fā)明通過對雙DC?DC升壓變換系統(tǒng)的協(xié)同控制和鋰電池組荷電狀態(tài)滯環(huán)控制，實現(xiàn)燃料電池混合推進系統(tǒng)的高效率工作。