本實用新型公開了氫燃料電池調配系統(tǒng)及氫燃料電池船舶，其中氫燃料電池調配系統(tǒng)包括：燃料電池模塊；主控模塊，與所述燃料電池模塊連接；至少兩個鋰電池模塊，所述鋰電池模塊能夠與外部負載連接，所述鋰電池模塊與所述主控模塊通信連接；電能調配模塊，所述燃料電池模塊通過所述電能調配模塊與所述鋰電池模塊連接，所述主控模塊與所述電能調配模塊的控制端連接。根據(jù)各個鋰電池模塊的工作狀態(tài)，分配燃料電池模塊的電能至鋰電池模塊，能夠實現(xiàn)一個燃料電池模塊驅使至少兩個鋰電池模塊工作的效果，有利于節(jié)省成本、充分利用燃料電池性能。