本發(fā)明提供了一種水土共治區(qū)域農(nóng)業(yè)面源污染的防治方法，針對水土共治區(qū)域的農(nóng)業(yè)面源污染防治，通過對農(nóng)業(yè)有機(jī)廢棄物有機(jī)養(yǎng)分總量盤點，資源轉(zhuǎn)化后科學(xué)對標(biāo)到退化土壤地力提升本質(zhì)需求中，實現(xiàn)區(qū)域有機(jī)養(yǎng)分與土地承載力的精準(zhǔn)匹配從而科學(xué)減少農(nóng)田化肥用量的區(qū)域養(yǎng)分綜合管理目的；開創(chuàng)性地從源頭控制因農(nóng)業(yè)有機(jī)廢棄物未得到合理利用導(dǎo)致的氮磷損失及過量使用化肥導(dǎo)致的農(nóng)田氮磷流失而帶來的農(nóng)業(yè)面源污染，解決農(nóng)業(yè)有機(jī)廢棄物中的大量養(yǎng)分資源作為廢棄物被丟棄而造成資源浪費問題，改善由于有機(jī)廢棄物隨意丟棄造成的環(huán)境污染現(xiàn)狀，并且有效控制過量使用化肥導(dǎo)致的環(huán)境污染，降低耕地質(zhì)量退化風(fēng)險，對農(nóng)業(yè)面源污染控制及生態(tài)環(huán)境治理具有重要意義。