本發(fā)明涉及一種激活油藏深部功能菌群的微生物采油方法。該方法包括以下步驟：首先進行試驗區(qū)塊篩選，針對試驗區(qū)塊油藏地質條件進行調剖劑篩選和優(yōu)化，調剖劑注入體積為，在對試驗區(qū)塊地層水的營養(yǎng)和菌群結構進行分析的基礎上，篩選出激活劑；其次在微生物驅油現(xiàn)場試驗前進行現(xiàn)場調剖；周期性注入激活劑，激活劑每輪注入量為45～50m3；分兩次注入生物抑制劑，第一次生物抑制劑注入量為，第二次注入量為。該方法能夠有效提高微生物驅油油藏采收率，提高采收率幅度達到10.0～15.0%，可廣泛應用于微生物采油技術領域。