本發(fā)明公開(kāi)了一種確定smiles表達(dá)式之間是否具有子結(jié)構(gòu)關(guān)系的方法，包括：定義并存儲(chǔ)常見(jiàn)原子、化學(xué)鍵和支鏈關(guān)系；定義切片最小粒度：相鄰原子與之間的化學(xué)鍵關(guān)系與主支鏈關(guān)系作為最小粒度單位；定義起始原子和終止原子，其中起始原子為所述最小粒度對(duì)應(yīng)的第一個(gè)原子，終止原子為所述最小粒度對(duì)應(yīng)的第二個(gè)原子；基于常見(jiàn)原子、化學(xué)鍵和支鏈關(guān)系對(duì)獲取的smiles表達(dá)式進(jìn)行分析以將smiles表達(dá)式切割成一個(gè)個(gè)原子對(duì)，統(tǒng)計(jì)smiles表達(dá)式包含的環(huán)的個(gè)數(shù)及原子對(duì)的種類、種類個(gè)數(shù)并存儲(chǔ)到哈希表中；根據(jù)原子對(duì)的種類、種類個(gè)數(shù)、環(huán)的個(gè)數(shù)確定smiles表達(dá)式之間是否具有子結(jié)構(gòu)關(guān)系。本發(fā)明方法可用于化學(xué)式部分結(jié)構(gòu)檢索，方法簡(jiǎn)單，執(zhí)行效率高。