本發(fā)明提供了一種娟珊牛奶粉和荷斯坦牛奶粉的差異標(biāo)志物篩選方法及其應(yīng)用，涉及液相色譜?質(zhì)譜檢測技術(shù)領(lǐng)域。所述方法包括：(A)采用蛋白沉淀法對奶粉樣品進(jìn)行處理以獲取代謝物；(B)利用超高效液相色譜?高分辨質(zhì)譜采集代謝組學(xué)數(shù)據(jù)；(C)對采集的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行化學(xué)計(jì)量學(xué)分析，提取特征信息，建立分析模型，篩選娟珊牛奶粉和荷斯坦牛奶粉之間的差異代謝物；(D)將所述差異代謝物與對比數(shù)據(jù)庫對比后得到差異標(biāo)志物。所述方法基于非靶向代謝組學(xué)結(jié)合化學(xué)計(jì)量學(xué)篩選差異代謝物，能夠?qū)崿F(xiàn)對不同奶粉的快速、準(zhǔn)確判別。