本發(fā)明公開了一種基于多核學(xué)習(xí)的藥物不良反應(yīng)預(yù)測方法，涉及數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)領(lǐng)域，它的方法如下：步驟一、研究藥物不良反應(yīng)預(yù)測需要對藥物特征信息和已知的藥物和不良反應(yīng)信息進行提??；步驟二、藥物的化學(xué)結(jié)構(gòu)信息轉(zhuǎn)化為藥物的指紋向量，構(gòu)建藥物和不良反應(yīng)信息的鄰接矩陣；步驟三、構(gòu)造核矩陣使用多核學(xué)習(xí)將核矩陣融合在同一特征空間中；步驟四、使用基于圖的半監(jiān)督學(xué)習(xí)方法構(gòu)建預(yù)測器，先對構(gòu)建的藥物核和不良反應(yīng)核進行稀疏化處理然后采用局部和全局一致性算法構(gòu)建藥物不良反應(yīng)的預(yù)測模型；步驟五、采用5倍交叉驗證的方法對AUC和AUPR來進行對預(yù)測效果的對比評估。通過上述方式，本發(fā)明能夠使得藥物不良反應(yīng)的預(yù)測性能得以優(yōu)化。