本發(fā)明屬于植物基因工程領(lǐng)域。涉及水稻內(nèi)源雙向表達啟動子的分離克隆及功能分析。本發(fā)明結(jié)合MSU和RAP數(shù)據(jù)庫中的RNA?seq數(shù)據(jù)以及CREP數(shù)據(jù)庫中的表達譜芯片數(shù)據(jù)在水稻基因組中選取了候選雙向啟動子BIP1，通過實驗證明它具有雙向表達活性。然后對其進行5’和3’缺失分析，鑒定出其雙向表達調(diào)控區(qū)段以及控制其5’和3’方向基本表達活性的區(qū)段。隨后，利用生物信息學手段分析了BIP1在禾本科植物中的保守性。本發(fā)明公開了雙向啟動子的篩選及分離克隆方法、轉(zhuǎn)化載體的構(gòu)建過程、水稻遺傳轉(zhuǎn)化過程和轉(zhuǎn)化植物的GUS組織化學染色、GUS蛋白活性檢測、GFP組織學分析、GFP定量分析和雙向啟動子的保守性分析等方法。