本發(fā)明涉及一種生物制藥廢水處理方法，主要解決現(xiàn)有技術(shù)存在間歇操作、時(shí)間長(zhǎng)、蒸汽能耗大；易造成二次污染；滅菌終點(diǎn)不能有效控制的問(wèn)題。本發(fā)明通過(guò)采用包括以下步驟：a）含活性微生物成分的生物制藥廢水連續(xù)地通過(guò)超高溫滅菌器管程，得到去除生物活性的廢水；b）含清洗球的清洗液連續(xù)地通過(guò)超高溫滅菌器管程；c）步驟a）和步驟b）交替進(jìn)行，交替頻率由自動(dòng)控制系統(tǒng)控制的技術(shù)方案較好地解決了該問(wèn)題，可用于含活性微生物成分的生物制藥廢水去除生物活性的工業(yè)生產(chǎn)中。