本發(fā)明提出一種樣品元素數(shù)據(jù)處理方法及系統(tǒng)，屬于地質(zhì)樣品數(shù)據(jù)處理領(lǐng)域。所述方法包括以下步驟：讀取樣品元素的原始數(shù)據(jù)；根據(jù)預(yù)設(shè)算法計算得到元素有效響應(yīng)比；根據(jù)元素有效響應(yīng)比數(shù)據(jù)生成元素有效響應(yīng)比散點(diǎn)圖；獲取雜質(zhì)的有效響應(yīng)比范圍，過濾掉有效響應(yīng)比散點(diǎn)圖中落入該范圍的數(shù)據(jù)；獲取有效響應(yīng)比平臺的范圍，生成有效響應(yīng)比平臺數(shù)據(jù)散點(diǎn)圖；接收點(diǎn)擊噪點(diǎn)數(shù)據(jù)的信號，刪除有效響應(yīng)比平臺數(shù)據(jù)散點(diǎn)圖中被點(diǎn)擊的噪點(diǎn)數(shù)據(jù)；根據(jù)刪除噪點(diǎn)后的有效響應(yīng)比平臺數(shù)據(jù)，計算并輸出元素有效響應(yīng)比平均值。本發(fā)明可以快速有效去除噪點(diǎn)、精準(zhǔn)選取數(shù)據(jù)，具有速度快、計算結(jié)果精確的優(yōu)點(diǎn)。