本發(fā)明涉及一種基于扁平栽培容器的植物根系自動化成像系統(tǒng)，包括栽培容器區(qū)：用于存放一個以上的待成像的扁平栽培容器；成像區(qū)：使用單反相機成像為待觀察的扁平栽培容器中的根系進行正反面拍攝成像；運移裝置：用于完成扁平栽培容器在栽培容器區(qū)和成像區(qū)之間的運移，本發(fā)明的有益效果是：系統(tǒng)整體結構簡潔，可觀察的植株數(shù)量大，通過單個相機和多排扁平栽培容器間的運動，實現(xiàn)對每個扁平栽培容器中植株植物根系正反面的成像，數(shù)據(jù)采集量大且效率高，可對作物植物根系無損傷、高通量（每小時可分析300株植物）、全自動植物根系表型分析，測量分析參數(shù)包括根冠結構（包括根深、冠幅等）、根冠面積、根長等，適合新時代對植物表型的科研儀器要求，值得廣泛推廣。