本發(fā)明公開了一種克氏原螯蝦活體無損取樣方法及應(yīng)用，對克氏原螯蝦抱卵親本的受精卵取樣，得到取樣樣品。通過與特定經(jīng)濟(jì)性狀連鎖的分子標(biāo)記檢測，篩選含有目標(biāo)性狀連鎖的分子標(biāo)記的抱卵親本，進(jìn)行隔離培育，人工繁殖獲得克氏原螯選育一代群體，對該群體繼續(xù)進(jìn)行下一代連鎖標(biāo)記的篩選將可能獲得目標(biāo)性狀連鎖標(biāo)記的基因頻率達(dá)到100%的選育群體。本發(fā)明解決了克氏原螯蝦分子連鎖標(biāo)記輔助育種中活體無損取樣的難題，為克氏原螯蝦分子標(biāo)記輔助育種提供了一條科學(xué)可行的途徑，可望由此培育出具有優(yōu)良性狀的克氏原螯蝦新品種，提高克氏原螯蝦養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)效益。