一個大分子陣列(100)(主陣列),例如通過二維電泳得到的蛋白質(zhì),隨后通過電印跡或類似方法轉(zhuǎn)移到支撐膜(102)。捕捉主陣列的圖像(202),確定在主陣列中的各種大分子點(diǎn)的坐標(biāo)(402)。該過程的下一個步驟是用皮升(p1)分配器(702)將一種或多種試劑或化學(xué)物質(zhì)的第二(或微)陣列印到主陣列的一個或多個點(diǎn)/坐標(biāo)上。如果大分子為蛋白質(zhì),則試劑可以是酶,例如胰蛋白酶或GluC等。使用兩種不同的酶,將它們沉積到同一個點(diǎn)的不同坐標(biāo)上,這將在不同的氨基酸位點(diǎn)分開蛋白質(zhì),并且當(dāng)該點(diǎn)在MALDI-TOF質(zhì)譜儀中分析時,將提供蛋白質(zhì)中多肽的增加的分布或匹配。