本發(fā)明公開了一種核酸擴(kuò)增反應(yīng)引物的設(shè)計(jì)方法，確定引物的目標(biāo)序列和非目標(biāo)序列；針對(duì)目標(biāo)序列設(shè)計(jì)單條引物；引物序列比對(duì)；將單條引物組合成引物組；對(duì)引物組進(jìn)行物理化學(xué)性質(zhì)、通用性以及特異性檢測(cè)和判定；輸出引物組，即得到所述核酸擴(kuò)增反應(yīng)引物。本發(fā)明充分運(yùn)用了基因組學(xué)數(shù)據(jù)以及相關(guān)方法、工具，實(shí)現(xiàn)針對(duì)目標(biāo)基因或區(qū)域、目標(biāo)基因組的高效率引物設(shè)計(jì)，獲得高通用性且高特異性的引物。