本發(fā)明涉及一種藥物靶標(biāo)的高通量檢索方法，屬于生物信息學(xué)領(lǐng)域。以藥物和標(biāo)靶的復(fù)合體為參考，定義藥物結(jié)合口袋，將結(jié)合口袋中的所有片段用蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)指紋表示，蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)指紋包括氨基酸序列，蛋白質(zhì)折疊形狀碼，物理化學(xué)性質(zhì)和向量偶合；輸入數(shù)字化的藥物結(jié)合口袋，檢索全球已知蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，進(jìn)行指紋比對(duì)和定量評(píng)估，然后按照指紋相似性從高到低排列；選擇蛋白折疊碼的相似性分?jǐn)?shù)和氨基酸物理化性質(zhì)的相似性得分同時(shí)處于前2千名的結(jié)構(gòu)蛋白為可能靶點(diǎn)區(qū)，分析和預(yù)測(cè)藥物的可能靶標(biāo)蛋白。本發(fā)明方法可以應(yīng)用到藥物二次開發(fā)研究方向，對(duì)已經(jīng)批準(zhǔn)的臨床藥物，通過發(fā)現(xiàn)新靶標(biāo)開發(fā)新功效。