本發(fā)明公開了一種識別檢測DNA中5?羥甲基胞嘧啶和5?甲酰胞嘧啶的方法，屬于分子生物學(xué)、核酸化學(xué)和表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域。本發(fā)明方法包括如下步驟：將待檢DNA加到含高釕酸鉀和堿的混合溶液中，冰水浴條件下反應(yīng)使DNA中的5hmC氧化為5fC；反應(yīng)后的NDA純化后加入到熱堿溶液中保溫反應(yīng)使DNA裂解，凝膠分析測得DNA中5hmC和5fC的總數(shù)目和位點；待檢DNA不經(jīng)高釕酸鉀氧化直接加入到熱堿溶液中保溫反應(yīng)使DNA裂解，凝膠分析測得DNA中5fC的數(shù)目和位點；對比兩次結(jié)果得到DNA中5hmC和5fC各自的數(shù)目和位點。本發(fā)明方法克服了現(xiàn)有檢測方法設(shè)備需求高、操作繁瑣等不足，靈敏度高、適應(yīng)范圍廣。