本發(fā)明公開了一種利用生物發(fā)酵工藝生產(chǎn)肝素鈉的方法。該方法采用2709蛋白酶作為催化劑,D204強堿性陰離子交換樹脂作為離子交換樹脂,并采用150-180目多層布篩進行過濾,有效克服了原生產(chǎn)工藝生產(chǎn)周期長、水解不完全、收率低、所得產(chǎn)品純度低、產(chǎn)生的廢水嚴重污染環(huán)境等缺陷,采用此工藝生產(chǎn)1億國際單位肝素鈉只需豬小腸粘膜1800-2000根,產(chǎn)品純度達80效價/毫克以上。