本發(fā)明提供一種保護SCR的后處理系統(tǒng)控制方法及系統(tǒng)，涉及尾氣后處理技術領域，包括以下步驟：獲取DPF正常再生時DOC上游的HC噴射量和SCR下游的排氣溫度，建立DOC上游的理論HC噴射量與SCR下游的理論排氣溫度的對應關系；實時獲取DPF實際再生時DOC上游的實際HC噴射量與SCR下游的實際排氣溫度，基于對應關系計算此工況下的理論排氣溫度，并與所獲取的實際排氣溫度相比較；基于比較結果，對實際HC噴射量進行修正，以使實際排氣溫度小于等于理論排氣溫度；針對目前柴油機尾氣后處理系統(tǒng)的DPF主動再生時容易造成SCR催化劑失效的問題，對SCR下游排氣溫度進行監(jiān)測，依據比較結果對實際HC噴射量進行修正，避免實際排氣溫度過高損傷SCR催化劑。