本發(fā)明涉及一種不同生理或病理?xiàng)l件下整體蛋白質(zhì)的定量分析方法，首先將兩組不同生理或病理?xiàng)l件的整體蛋白分別作為控制組與疾病組，進(jìn)行還原和烷基化；對(duì)兩組烷基化的蛋白序列中賴氨酸殘基上的ε-氨基進(jìn)行化學(xué)保護(hù)；將經(jīng)化學(xué)保護(hù)后的兩組蛋白質(zhì)的N端氨基進(jìn)行同重標(biāo)記；同重標(biāo)記后兩組蛋白按等比例混合進(jìn)行高分辨質(zhì)譜和串級(jí)質(zhì)譜分析得到一個(gè)數(shù)據(jù)組；對(duì)數(shù)據(jù)組進(jìn)行定性、定量數(shù)據(jù)庫搜索，得到蛋白質(zhì)的ID及疾病組每一個(gè)蛋白質(zhì)相對(duì)于控制組的相對(duì)比例，即疾病條件下所有蛋白的上調(diào)或下調(diào)情況。與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明方法標(biāo)記效率高，準(zhǔn)確度高，適用于整體蛋白質(zhì)基于高分辨串級(jí)質(zhì)譜的定量分析。