本發(fā)明公開(kāi)了一種深度序列質(zhì)譜分析方法，包括以下步驟：(1)細(xì)胞培養(yǎng)；(2)為DEEP?SEQ分析準(zhǔn)備樣品；(3)DEEP?SEQ多維分離。本發(fā)明直接基于去垢劑的蛋白質(zhì)溶解、單酶胰酶酶切和擴(kuò)增，肽段通過(guò)多重物理化學(xué)正交階段：高PH反相和強(qiáng)陰離子交換串聯(lián)耦合，并直接借助于裝準(zhǔn)的納升級(jí)流速體系，在細(xì)孔、延伸長(zhǎng)度(25μm×100cm)的低PH?RP分析柱上運(yùn)行，以實(shí)現(xiàn)全自動(dòng)化實(shí)時(shí)分離。后者的色譜分析階段在第三個(gè)正交維度下獲得高峰容，并增加了電離噴霧離子化效率，從而提高檢測(cè)水平。