本發(fā)明涉及一種短程反硝化脫氮菌株及其應用。短程反硝化脫氮的菌株為水氏黃桿菌(Flavobacterium？mizutaii)FDN-2，2010年3月11日保藏于“中國微生物菌種保藏管理委員會普通微生物中心”，其保藏號為CGMCC？NO.3659。該菌株可以直接利用亞硝酸鹽氮作為底物，完成短程反硝化過程。本發(fā)明的水氏黃桿菌FDN-2在處理含氨廢水時，工藝簡單，能夠耐受高濃度有機碳源。投入使用后系統(tǒng)啟動快，在各類廢水脫氮處理過程中具有非常廣闊的應用前景。