本發(fā)明提供了基于雙發(fā)動機的燃料電池熱電聯(lián)供系統(tǒng)及其控制方法，系統(tǒng)設置有兩套并聯(lián)的供電裝置和供熱裝置；供電裝置設置有電鍋爐、用電設備、變流器、鋰電池、DCDC、集成空壓機控制器、燃料電池發(fā)動機，所述變流器、鋰電池分別電連接所述電鍋爐、用電設備，變流器、鋰電池也依次電連接所述DCDC、集成空壓機控制器、燃料電池發(fā)動機，燃料電池發(fā)動機設置有供熱裝置，設置有主散熱子系統(tǒng)及自來水換熱子系統(tǒng)，提供供電和供熱裝置控制方法及相互協(xié)調控制方法，解決供熱和供電相互協(xié)調的問題，熱電聯(lián)供系統(tǒng)兩個燃料電池發(fā)動機的協(xié)同控制問題，并能夠實現(xiàn)自動控制，實時響應用電和用熱需求，同時滿足了燃料電池發(fā)動機穩(wěn)定運行的要求。